費氏弧菌發光桿菌菌種程序，通常分為母種、原種和栽培種3個層次，也就是通常所說的一級、二級、三級菌種。其中母種的分離選育技術性強，要求精化；而原種和栽培種的制作則相對比較簡單。下面介紹各級菌種的制作技術。
母種的分離選育方法是：母種主要采用人工選擇、誘變育種、雜交育種和原生質融合等手段獲得。作為一般制種專業戶，可以采用人工選擇方式分離培育母種，具體步驟與操作方法如下。
1.采集種源。費氏弧菌發光桿菌從野生或人工栽培群體中選擇有代表性的優良菇體作為種源。①種菇選擇時間。一般在11月上中旬，在*批和第二批菇中挑選。因為這段時間蘑菇生長正是旺盛時期，菌絲生活力強，子實體健壯，質量好，加之氣溫適宜，蘑菇能正常成熟。②種菇的標準是：八成熟，朵形圓正，肉質肥厚，顏色潔白，無病蟲害。采集一二朵符合上述標準的種菇編上號碼，作為分離母種的材料。從栽培室采集的應標有原菌株代號。
2.培養基配制。瓊脂培養基又叫PDA培養基，常用配方為：馬鈴薯200克、瓊脂16～18克、葡萄糖20克、水1000毫升。先將馬鈴薯洗凈去皮，切成薄片，置于鋁鍋內加水煮沸15～30分鐘至薯塊酥而不爛為止。煮后用6～8層事先浸濕擰干的紗布過濾，過濾后加入瓊脂16～18克（氣溫低時加16克，氣溫高時加18克）再煮，并不斷攪拌，使固體瓊脂*溶化，再用4～6層紗布過濾。將濾液加水至1000毫升加入20克葡萄糖，攪拌溶化趁熱分裝試管。裝入量為試管高度的1/4～1/5，注意培養基不要粘著試管口，管口用棉塞塞緊，或將汁液裝入玻璃三角瓶內，每瓶裝量為20毫升。然后置于高壓鍋內，在壓力達108千帕，鍋內溫度為121℃滅菌30分鐘左右。滅菌后及時取出，趁熱將試管斜排于桌上，費氏弧菌發光桿菌冷卻后即成為固體斜面培養基。
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